Địa bàn xã Văn Phú hiện nay trước đây vốn là hai xã Văn Phú và Văn Tiến thuộc huyện Trấn Yên.

Ngày 4 tháng 8 năm 2008, xã Văn Tiến và xã Văn Phú được sáp nhập vào thành phố Yên Bái.[3]

Trước khi sáp nhập, xã Văn Phú có diện tích 4,71 km², dân số là 1.839 người, mật độ dân số đạt 390 người/km². Xã Văn Tiến có diện tích 9,02 km², dân số là 2.748 người, mật độ dân số đạt 305 người/km², được chia thành 6 thôn: Nhà Giát, Lưỡng Sơn, Bình Lục, Ngòi Sen, Bình Sơn, Văn Quỳ.

Ngày 10 tháng 1 năm 2020, Ủy ban Thường vụ Quốc hội ban hành Nghị quyết số 871/NQ-UBTVQH14 về việc sắp xếp các đơn vị hành chính cấp huyện, cấp xã thuộc tỉnh Yên Bái (nghị quyết có hiệu lực từ ngày 1 tháng 2 năm 2020)[2]. Theo đó, sáp nhập toàn bộ diện tích và dân số của xã Văn Tiến vào xã Văn Phú.